1.简介

分子对接已经成为药物先导化合物发现和优化领域的有力工具。在过去的三十年中，基于不同的搜索算法和评分函数，开发了大量的对接程序。为了使这些对接程序更加方便用户使用，特别是对初学者，人们开发了不同的图形用户界面(GUIs)，以协助分子系统的准备、计算的执行和/或结果的分析。比较常见的GUIs如：AutoDockTools(ADT)、BDT、DOVIS、VSDocker、AUDockerLE、WinDock、DockoMatic、PyMOLAutoDock插件(PyMOL/dock)、PyRx等。本期内容呢，我们为大家分享一个新的多平台工具--AMDock，可以非常方便的使用Autodock4或AutoDockVina来进行分子对接计算及结果分析。

AMDock集成了AutodockVina和Autodock4、ADTscripts、AutoLigand、OpenBabel、PDB2PQR和PyMOL的功能。对于活性位点中含有锌离子的蛋白质，AMDock可以选择使用专门定制的Autodock4Zn参数。AMDock使用Python2.7编码，可在Windows和Linux系统上使用。在Windows上，它与所有集成工具一起打包，因此不需要额外的软件安装。在Linux上，只需要安装OpenBabel和PyMOL（这两个工具都包含在最流行的Linux存储库中）。因此，安装和使用AMDock非常的方便。

AMDock主窗口有五个选项卡：①Home（主页）；②DockingOptions（对接选项）；③ResultsAnalysis（结果分析）；④Configuration（配置）以及⑤Info1（信息）。AMDock的功能和工作流程的总结如下图。为了大家更快的上手操作AMDock，我们随后通过案例为大家演示操作。

2.下载与安装